С целью осуществления профилактических мероприятий по предотвращению преступлений в отношении детей и нарушения их прав, а также предупреждения детской преступности, в структуре Главного управления функционирует отдел управления процессуального контроля, сотрудники которого включены в межведомственные рабочие группы системы профилактики, действующей на территории города Москвы.
С апреля 2015 года организована круглосуточная работа телефонной линии «Ребенок в опасности».
По предложению Главного управления Правительством Москвы создан Единый центр защиты детей с функциями обеспечения психологической поддержки и реабилитации несовершеннолетних жертв преступлений.
Совместно с Департаментом труда и социальной защиты населения города Москвы принят Регламент взаимодействия социальных работников со следователями по сопровождению несовершеннолетних, находящихся в конфликте с законом.
Заключено соглашение о сотрудничестве с Государственным бюджетным учреждением здравоохранения «Научно-практический центр психического здоровья детей и подростков им. Г.Е. Сухаревой Департамента здравоохранения города Москвы» о взаимодействии психологов со следователями по сопровождению несовершеннолетних, ставших жертвами преступлений.
Сотрудниками Главного управления на постоянной основе принимается участие в общегородских вебинарах для родителей Департамента образования города Москвы, в ходе которых освещаются актуальные проблемы детей и подростков, доводятся рекомендации профилактического характера.
Разрабатываются памятки профилактического характера с целью уберечь детей от преступных посягательств, которые публикуются на сайте Главного управления и распространяются среди учебных заведений.
В следственную практику внедрена специализация следователей, согласно которой уголовные дела по преступлениям, совершенным несовершеннолетними и в отношении их, находятся в производстве наиболее опытных следователей. Благодаря их усилиям лица, совершившие преступления, изобличаются и приговариваются к длительным срокам лишения свободы.